El CIBER-BBN es un Centro de Investigación independiente en cuanto a la gestión científica, si bien constituye un área temática dentro del CIBER, una estructura de investigación única en España en el ámbito de la investigación biomédica y con un gran potencial científico.
El órgano máximo decisorio de CIBER es el Consejo Rector, que está constituido por tres representantes del ISCIII y por un representante institucional de cada una de las instituciones consorciadas. Lo preside el Director del ISCIII y se reúne con periodicidad semestral.
La Comisión Permanente constituye una comisión delegada (formada por el ISCIII y 8 miembros del Consejo Rector que se renuevan semestralmente) que se reúne con mayor frecuencia para tomar con mayor agilidad aquellas decisiones que por su naturaleza no pueden esperar a ser aprobadas en Consejo Rector.
Dentro del área temática de BBN (Bioingeniería, Biomateriales y Nanomedicina), las unidades básicas y funcionales las constituyen los 47 grupos de investigación (45 grupos de pleno derecho y 2 grupos asociados en 2014), detallados anteriormente.
Desde el punto de vista científico, la estructura organizativa de CIBER-BBN está basada en los grupos de investigación componentes, y su actividad pilota sobre los Programas de Investigación y los Programas Horizontales, habiendo un coordinador por cada Programa que pertenece al Comité de Dirección.
Las decisiones científicas son tomadas por el Director Científico, asesorado por el Comité de Dirección y el Comité Científico Externo. El Comité de Dirección, presidido por el Director Científico, está integrado por los coordinadores de los programas y el gerente de CIBER.
